民國39年11月18日，在蔡然捷、林延郎、許萬朱、許老贊、許崑德、楊鎮原、陳清森、林春蓮、蕭繼章、黃紹藤、許葉明輝、蔡月英、鍾振明、許柳條、黃新田、程世篤、陳瑞成、嚴兆祺等18名前輩藥師奔走下成立，並選舉蔡然捷藥師為第一屆理事長。
雲林縣政府於民國40年2月15日以「自字三號」的立案證書，正式通過「雲林縣藥劑師公會」的立案。至民國68年3月26日，藥師法公布「藥劑師」改為「藥師」，本公會名稱，也經有關單位核備為「雲林縣藥師公會」。從第一屆的會員18人，至99年第22屆會員人數已接近600人。